経営の基本精神として、バリュー「タケダイズム」（誠実：公正・正直・不屈）、ミッション「優れた医薬品の創出を通じて人々の健康と医療の未来に貢献する」を掲げ、企業倫理については、「武田薬品コンプライアンス・プログラム」を全社に渡り実施する、としている。


ビジョン(経営方針)として、2013年（平成25年）より、「Better Health, Brighter Future」を掲げ、「ビジョン2020」を策定、「革新的な医薬品に加え、高品質なブランド・ジェネリック医薬品(特許の切れた先発品)、ワクチン、一般用医薬品(OTC医薬品)をお届けすることで、少しでも早く、少しでも多くの人々の願いに応えていく」ことを長期目標とすると発表している。日米欧アジアの研究開発拠点で、代謝性・循環器系疾患、癌、中枢神経系疾患、免疫・呼吸器系疾患、消化器・腎臓系・その他疾患領域、ワクチンを重点領域とし、新薬の創出、パイプラインの構築をめざしている。また、世界14ヵ国の17の自社製造工場等での生産、約70ヵ国の自社グローバル販売網等を通じ、約100ヵ国で製品を販売している。


かつては農薬、ウレタン樹脂、動物用医薬品、調味料およびビタミン・バルクといった事業も手がけていたが、これら非医薬品事業は、2000年（平成12年）頃からそれぞれ、住友化学、三井化学、シェリング・プラウ、キリンビールおよびBASFとの各合弁会社に移管し、現在は、それぞれ合弁相手の完全子会社となっている。


これを反映して、2004年（平成16年）7月1日に英文社名を「TAKEDA CHEMICAL INDUSTRIES, LTD.」から現在の「Takeda Pharmaceutical Company Limited」に変更している。
大衆薬については現在社内カンパニーを導入しており、「ヘルスケアカンパニー」（カンパニー本部・東京都。製品の社名クレジットも東京本社の所在地で掲載）から販売している。


また、子会社だった「武田食品工業」も、2006年（平成18年）4月3日にハウス食品との共同出資会社「ハウスウェルネスフーズ」に移行し、飲料部門からも撤退した。（2007年（平成19年）10月1日にハウス食品の完全子会社となった。）


2008年（平成20年）5月には、米国バイオ医薬品会社ミレニアム・ファーマシューティカルズ社を株式公開買付けにより買収し、7月には、従前からの米国子会社TPNA社、TAP社の合併による米国事業再編、2009年（平成21年）3月には、武田ファーマシューティカルズ・インターナショナル社の設立、2011年（平成23年）9月には、新興国にも強い欧州のナイコメッド社買収等、海外における事業体制整備を進めている。


本社は、東京日本橋の東京本社と、登記簿上の本店である大阪道修町の本社との二本社制をとっている。
国内向けと海外向けで違うロゴが使われている。国内向けは、白抜きの○に▲が埋め込まれたもので魚の鱗を模っており、海外向けはTをかたどっているが下の部分が白抜きになっていて、そこにTakedaと筆記体でかかれたものである。
それぞれのロゴは英語版を参照のこと。国内向けロゴは「日動火災海上保険（現:東京海上日動火災保険）」と酷しく似ていたが、業種が違うことから両社が合意していた。天気記号の「雹（ひょう）」のマークにも似ている。
次期Chief Executive Officer(CEO)候補として、グラクソ・スミスクラインの子会社社長だったクリストフ・ウェバー氏を招聘、2014年（平成26年）6月の株主総会および取締役会で承認されることを前提として、代表取締役社長 COO に就任し、長谷川閑史現社長が代表取締役会長 CEO に就任する予定と発表した(2013年（平成25年）11月30日)。



主要株主 日本生命保険相互会社 7.05%%
日本トラスティ・サービス信託銀行株式会社(信託口) 5.46%
日本マスタートラスト信託銀行株式会社(信託口) 3.85%公益財団法人武田科学振興財団 2.27%
SSBT OD05　OMNIBUS ACCOUNT-TREATY CLIENTS (常任代理人 香港上海銀行東京支店) 1.91%
バークレイズ・キャピタル証券株式会社 1.66%
ステート ストリート バンク アンド トラスト カンパニー505225 (常任代理人 株式会社みずほコーポレート銀行決済営業部) 1.30%